Vào Thứ Hai, 2 tháng 3, chính phủ Bangladesh đã có các biện pháp truy lùng khoảng 1.000 lính biên phòng bị cáo buộc là đã thảm sát cấp chỉ huy của họ trong cuộc nổi loạn đã tạo sự lo ngại về khả năng tồn tại của tân chính phủ dân sự. Cuộc thảm sát đã buộc Thủ tướng Sheikh Hasina phải đối diện với một cuộc khủng hoảng trầm trọng chỉ hơn hai tháng sau khi lên cầm quyền. Bà đã thắng trong cuộc bầu cử vốn chấm dứt hai năm cầm quyền của quân đội tại Bangladesh. Bà Hasina ra lệnh cho quân đội tham gia cuộc truy lùng thành phần nổi loạn, đồng thời cũng tìm cách nhờ Cục Điều tra Liên bang của Hoa Kỳ, và Liên Hợp Quốc giúp đỡ.[19]

"Chúng tôi đã cho thành phần nổi loạn 24 tiếng để đầu hàng và điều này đã chấm dứt lúc 4 giờ chiều ngày Chủ Nhật, do đó tôi ra lệnh cho quân đội và các lực lượng khác truy lùng họ," bà tuyên bố trước nghị viện vào chiều ngày 1 tháng 3.[20] Thủ tướng Hasina nói lệnh truy nã đã được đưa ra nhắm vào 1.000 binh sĩ, cũng như những tòng phạm "đã chuẩn bị xe cộ, thuyền bè để giúp thành phần phiến loạn tẩu thoát." Theo tổ chức Nhóm Khủng hoảng Quốc tế có trụ sở đặt tại Bruxelles, bà Hasina có hành động này để ngăn chặn việc quân đội có thể tổ chức đảo chính.

Các binh sĩ nổi loạn đã trốn khỏi bộ chỉ huy lực lượng biên phòng Bangladesh hôm Thứ Năm 26 tháng 2 sau khi đã lột bỏ quân phục và mặc đồ dân sự. Cho đến ngày 2 tháng 3, đã có ít nhất 78 xác được tìm thấy, nhiều xác trong số này đã bị đâm bằng lưỡi lê rồi ném vào các hố chôn tập thể hay các cống rãnh. Có khoảng 70 sĩ quan cao cấp khác hiện vẫn còn mất tích.[20]